1595 r.

Król Zygmunt III Waza fascynował się alchemią, uparcie poszukiwał cudownej mikstury, która miała zamieniać zwykły metal w złoto. Był jednym z patronów słynnego alchemika Michała Sędziwoja herbu Ostoja, któremu często towarzyszył w Krakowie podczas eksperymentów. Owe zamiłowania alchemiczne króla najprawdopodobniej doprowadziły w sierpniu 1595 roku do największego w dziejach Wawelu pożaru. W jego wyniku spaleniu uległa wschodnia część zamku, w której znajdowały się apartamenty rodziny królewskiej. Konieczna stała się ewakuacja dworu, tym bardziej, że żona króla Anna Austriaczka miała wkrótce rodzić. Za tymczasowe lokum król wybrał pałac w Łobzowie, który z czasem stał się letnią rezydencją dworu królewskiego.

Postanowienie o przeprowadzce do Warszawy zapadło 18 marca 1596 roku. Formalnie Kraków nadal był stolicą, nie powstał bowiem żaden dokument prawny, który by mu to miano odebrał. Ówczesna Warszawa traktowana była jako miasto rezydencjonalne, choć faktycznie od 24 maja 1600 roku pełniła funkcje stolicy. To tu znalazł się dwór i najważniejsze urzędy centralne: urząd marszałkowski, kanclerski, urząd podskarbiego wreszcie. Umieszczone zostały w rozbudowującym się od 1598 roku Zamku Królewskim.

Kraków oficjalnie ciągle pełnił funkcję stolicy bowiem to tu odbywały się koronacje, królewskie śluby i pogrzeby. Do Krakowa także wjeżdżali triumfalnie władcy po zwycięskich bitwach i tu przechowywane były insygnia koronacyjne. Z pewnością pożar zamku wawelskiego był czynnikiem decydującym o przenosinach, ale nie jedynym – w Warszawie bowiem odbywały się sejmy walne koronne i elekcje królewskie. Warszawa miała również dogodniejsze dla ówczesnej polityki zagranicznej Wazów położenie geograficzne – stąd było bliżej na Litwę i Pomorze.